身長176cmとされている木村だが、2024年のドラマ『Believe-君にかける橋-』（テレビ朝日系）で主演を務めた際、番組の公式インスタグラムで共演者たちとのオフショットが公開され、《175cmの上川隆也よりも明らかに身長が小さい》と話題に。
さらに、この話題を知った霜降り明星・粗品が自身のYouTubeチャンネルで「フジテレビで挨拶無視されたときに、この距離でキムタクと目が合ったけど、俺の首の角度がせいや（163cm）と目合ってる時より下やったな」と語ったことも。
ただし中には、公表どおりの身長なのでは？という声も。
「2025年元旦放送のTBS系『バナナサンド』に木村さんが出演した際、バナナマンの設楽統さんと手押し相撲をおこなう場面がありました。木村さんも設楽さんも靴を脱いで靴下になり、真正面で向き合うというシチュエーションに。設楽さんは身長175cmですが、あまり身長差があるようには見えませんでした。実際にこのシーンを見た視聴者からも、《ほぼ身長変わらなかった》《ほとんど一緒だったから、175センチ前後は確実にあるんだろうね》などの声があがっています」（テレビ誌ライター）
同じ旧ジャニーズ事務所出身でも、当時V6の森田剛は2016年放送の『TOKIOカケル』（フジテレビ系）で身長をいじられ、「大っきい人に憧れがありました」と語るなど低身長を明かしているタレントもいる。
自ら疑惑をネタにできれば楽にはなるが、“スーパースター”である木村のキャラ的にはそれも難しいのだろう。
