'01年8月24日、再びSMAPの存続を揺るがす事件が起こる。稲垣が公務執行妨害と道路交通法違反で逮捕されたのだ。不起訴となるがその後、約5か月にわたり芸能活動を自粛。SMAPもその年の『紅白』を辞退した。容疑者ではなく“稲垣メンバー”という呼び方の異様さも物議をかもした。
復帰最初の番組であった『SMAP×SMAP』で稲垣は5分間にわたって謝罪スピーチを行い視聴率は番組史上最高の34・2%を記録。メンバー全員そろって歌った『BEST FRIEND』に茶の間は胸を熱くした。番組関係者によると、このスピーチは稲垣自身からのたっての希望で実現したという。
「本人からどうしても自分の言葉で謝りたいと希望があったので、台本なしの生謝罪となりました。最初は2分間の予定が3分ほどオーバーして、こちらは少し慌てました」
そのころの稲垣を支えたのが'00年からの長い交際が報じられていた菅野美穂だ。
稲垣は20歳ころの取材で、《派手じゃなくて控えめなんだけど、その人独特の雰囲気がある人。目の奥の輝きに何か訴えるものがある人が好き》と話している。
2人が親密になるきっかけとなったドラマ『ソムリエ』当時の対談でも、「感性型って面では、菅野さんと僕は似てるのかもしれない……」とシンパシーを感じていたようだ。